Im Jahr 1887 bezog die Germania ihr neu erworbenes Haus am Jenaer Marktplatz, welches als eines der ersten reinen Korporationshäuser Deutschlands umgebaut worden war. Den größten Einschnitt in die Geschichte unseres Bundes bildete die Machtübernahme der Nationalsozialisten 1933. Trotz der vorherigen Zusicherung, ein begrenztes Bundesleben pflegen zu dürfen, wurde durch die Gleichschaltungspolitik ein solches fast unmöglich. Trotzdem gelang es, ein Mindestmaß an korporativer Selbständigkeit zu erhalten. Im April 1945 wurde das Germanenheim am Markt durch zwei Bombentreffer völlig zerstört, wodurch der Bund seinem institutionellem Zentrum beraubt wurde.
Da in der Sowjetzone und der späteren DDR keinerlei korporatives Dasein möglich war, fand das erste Germanentreffen 1948 in Oldenburg statt. Ab 1949 fand das Bundesleben ein kurzes Intermezzo in Mainz, bis der Bund 1954 nach Göttingen umzog und in der Planckstraße ein neues Haus bekam.
Allerdings war von vornherein festgelegt worden, dass Göttingen nur so lange als Heimstatt dienen würde, bis ein Weg nach Jena wieder offen stünde. Durch die politischen Veränderungen 1989/1990 in der DDR, bestand endlich die Möglichkeit zur Rückkehr in die alte Heimat. Im Sommersemester 1993 eröffnete die Germania in ihrem Jena nach fast 50 Jahren wieder den Aktivenbetrieb in der Seidelstrasse Nr. 12. Seitdem ist die Germania wieder fester Bestandteil des korporativen Lebens an unserer alma mater jenensis.
Im Jahr 2008 beschloss unser Bund, die Deutsche Burschenschaft als Dachverband zu verlassen, und besteht seither als verbandsfreie Burschenschaft.